16世紀初，貪婪的西方殖民者接踵而至。1602年，荷蘭三級會議批準成立“聯合東印度公司”，并授予該公司擁有東起好望角、西至麥哲倫海峽廣大地域內的貿易壟斷權，還準予在該區域內招募軍隊、建筑炮臺、發行貨幣、任免官吏，以及向外國宣戰和締結條約。從此荷蘭殖民者對東南亞展開了一系列罪惡的武裝侵略和野蠻掠奪活動。由于安汶島和班達島的居民暗中反對東印度公司壓低香料收購價格，將豆蔻等賣給其他國家的商人，荷蘭殖民者把班達島1.5萬居民殺戮殆盡，安汶島居民也從15萬減至5萬人。1619年，荷蘭侵占雅加達，并以此作為侵占整個爪哇島和其他島嶼的中心據點。爪哇島上的馬打蘭王國、萬丹王國等土著政權先后淪為荷蘭的殖民地或保護國。荷蘭殖民者還大捕骯臟的奴隸貿易，甚至到中國東南沿海劫擄居民為奴。為了適應資本原始積累和商人集團的利益，東印度公司采取壟斷貿易制、強迫供應制、強迫種植制以及奴隸勞役制等超經濟剝削手段，對爪哇人民進行了敲骨吸髓的壓榨。