首度的殖民統治發生於1511年，葡萄牙艦隊攻占麻六甲，建立殖民地。麻六甲末代蘇丹馬哈茂德沙輾轉流亡於馬來半島與廖內群島，聯合各地數度意圖收復麻六甲不果，最終死於蘇門達臘甘巴（Kampar），他的兩位兒子分別即位建立了霹靂王朝與柔佛王朝，其中控制半島南部的柔佛繼續成為對抗葡萄牙的主要勢力之一。
來自蘇門達臘北部新興的亞齊王朝則在蘇丹依斯干達·慕達的統治下開始在馬來半島北部擴充領土，包括霹靂、吉打等。1619年，更將源於麻六甲王室的彭亨蘇丹阿邁德沙虜往亞齊。葡萄牙、柔佛與亞齊三股勢力在這期間時互有和戰，尤其彭亨的控制權數度輾轉於三方之手。
1629年，葡萄牙聯合柔佛摧毀了亞齊所有戰船，迫使其撤出馬來半島。但亞齊依然可以在同年攻占吉打，并將其居民虜往亞齊。依斯干達·慕達死后，其外甥依斯干達塔尼（彭亨蘇丹阿邁德沙之子）繼位為亞齊蘇丹。
直到1641年，荷蘭聯合柔佛攻下麻六甲。