本刊初始刊名為《東南亞經濟資料匯編》，1960年更名為《東南亞研究資料》，1966年—1976年文革期間休刊，1979年復刊，1987年更名為《東南亞研究》，1988年取得國內統一刊號：CN44-1124/D，時為季刊,16開本,1992年起改為雙月刊，1994年起改為大16開本,1999年取得國際標準刊號：ISSN1008-6099，2002年獲準成立了暨南大學《東南亞研究》雜志社。

東南亞歷史發展線索

東南亞古代文明的發展歷史上，東南亞沒有受到草原牧民的穩固統治，這接近西歐和日本的情況。但與后兩者不同的是，東南亞也較少受到草原}L}’綢之路文化的影響。由于和游牧民族間隔較遠，東南亞文明的發展便受到了限制。因為文明誕生的基礎是農業生產，而農業的根本內含在于動植物的馴化，并不單指種植業，還包含畜牧業。亞歐大陸上，文明早熟的地方通常不僅是種植業區.也是游牧民時常光顧的地方。東南亞的水稻種植發展較早，但文明的發展卻相對滯后于兩個深受游牧文化影響的地區:中國與南亞。就較高層次文化(由文字與高級宗教表征)的發展而言，古代東南亞主要得益于外來影響，尤其是南亞與中國的影響。將外來的高級宗教與本土的基層文化結合，是東南亞文明發展的基本線索。要理解這一線索，不妨從東南亞的文字系統入手，因為對于古代文化而言，文字很大程度上是聯系文化基層(由口語表征)與高層(由高級宗教表征)的紐帶，充當了文化的中間層次。