1977年后，派系矛盾和外國援助減少等原因，該組織分裂為三派，其中兩派主張在棉蘭老地區實行民族自治，另一派主張棉蘭老地區脫離菲律賓，成立一個獨立國家。1987年1月，后一派放棄獨立要求，并與政府就棉蘭老地區自治問題進行多次談判。1996年9月與政府簽署和平協議。2012年10月7日，菲律賓總統阿基諾宣布，菲最大反政府武裝“摩洛伊斯蘭解放陣線”已與政府達成協議，結束在南部棉蘭老地區的反政府活動。